一、黨政管理機構

1、辦公室（黨委巡察辦）

2、紀檢處

3、組織部

4、宣傳部

5、統戰部

6、學生處（學生工作部、武裝部）

7、教務處

8、財務處

9、人事處

10、審計處

11、保衛處

12、招生就業處

13、科技與對外合作交流處

二、基層黨組織

中國共產黨云南農業職業技術學院農學與園藝技術學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院畜牧獸醫學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院食品藥品與大健康學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院工程學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院經濟管理學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院互聯網技術學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院云安產業學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院馬克思主義學院總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院基礎部（體育工作部、公共藝術教育部）總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院職能部門總支部委員會

中國共產黨云南省種畜繁育推廣中心總支部委員會

中國共產黨云南農業職業技術學院離退休總支部委員會

三、群團組織

14、中國工會云南農業職業技術學院委員會

15、中國共產主義青年團云南農業職業技術學院委員會

16、云南農業職業技術學院婦女聯合會

四、教學部門

17、農學與園藝技術學院

18、畜牧獸醫學院

19、食品藥品與大健康學院

20、工程學院

21、經濟管理學院

22、互聯網技術學院

23、創新創業學院

24、云安產業學院

25、馬克思主義學院

26、基礎部（體育工作部、公共藝術教育部）

五、服務保障部門

27、后勤管理服務中心

28、離退休人員服務辦公室

29、基建辦公室

30、資產與物資采購中心

31、教師發展中心

32、教學質量監控辦公室（督導室）

33、實踐教學中心（產教融合與校企合作辦公室、1+X證書認證管理辦公室）、職業技能鑒定站

34、就業創業指導中心

35、高等職業教育研究所（評估中心）

36、發展規劃辦公室

37、現代教育技術與信息中心

38、圖書館

39、繼續教育與培訓學院

40、云南省農學會秘書處（《云南農業》編輯部）、云南省農業標準化技術委員會秘書處

41、云南農業職業技術學院資產經營有限公司

六、畜禽繁育技術推廣部門

42、云南省種畜繁育推廣中心綜合管理部

43、云南省種畜繁育推廣中心種禽場

44、云南省種畜繁育推廣中心種豬場

45、云南省種畜繁育推廣中心種牛場

46、云南省種畜繁育推廣中心冷凍精液站